- Файлы отображаются в двух независимых панелях в виде списка файлов или дерева каталогов (а также любая их композиция). Поддерживаются автономная настройка панелей. 
- Поддерживаются все основные операции с папками и файлами: удаление, копирование, перемещение, переименование. Поддерживается: Поиск, Групповое переименование, Редактирование даты и атрибутов файла, Сравнение по содержанию бинарный и текстовый режим), Разделение и Объединение файлов, Подсчет и проверка контрольных сумм файла (CRC, MD5).  
- Поддержка работы с архивами: ZIP, TAR, TGZ, GZIP, BZIP2, RAR, 7zip (просмотр, распаковка). Поддержка подключения внешнего архиватора.
- Поддержка шифрования и дешифрования файлов (используются алгоритмы: BASE64, DES, TripleDES, AES (128 и 256 бит). 
- Подсчет размера папки. 
- Поддержка синхронизации папок.
- Встроенный загрузчик файлов из Интернета.
- Встроенный FTP клиент.
- Поддержка дополнительных инструментов:
1. Встроенный редактор текста с возможностью подсветки синтаксиса многих языков программирования. Поддержка просмотра и редактирования файла в шестнадцатеричном виде;
2. Запись CD/DVD диска (поддерживаются файловые системы: ISO, Joliet, UDF)
3. Системные процессы – управление программами автозагрузки и запущенными процессами.
4. Интеграция с системой (использование встроенных инструментов Windows: Редактор реестра, Консоль управления, Командная консоль - работа с командной строкой).
- Поддержка электронной подписи файлов. 
- Управление совместным использованием файлов и папок в локальной сети.

Системные требования:
Для работы Master Commander-а требуется NET Framework 3.5